在对PDB（.pdb）文件进行操作时，有时仅需要保留蛋白链、核酸链、配体、或者水。 除了直接在文本文档格式下或者coot中对PDB文件中其他信息进行删除，还可以通过命令行的形式来提 …

在最基本的层面上， PDB 文件是原子和笛卡尔 (XYZ) 坐标的列表。相同的格式可用于表示任何物理对象。包含其他信息以提供有关原子的更多详细信息，以及将原子构建成氨基酸、将氨基 …

pdb格式 图片取自：pdbintro 其次，我们需要知道Pymol中显示颜色的方式。Pymol有各种显示颜色的方案，我们这次会利用其能够根据b-factor上色的功能。 Pymol操作为：color选项 >> …

这个好办，不需要知道pdb编号。 直接查蛋白质的名字，其他通用的ID就行了。 一个蛋白质，视重要程度和实验难度，可能有从几个到上千又或者根本没有结构信息，所以蛋白质和pdb是一对 …

Apr 7, 2015 · 有谁在RCSB PDB网站下载过蛋白质的pdb文件？ 怎样从这个网站中下载到某一聚合物中某一个组成部分的pdb文件？ 例如由actin何frofilin两种蛋白质通过binding 形成complex, …

目前在医药数据领域是以药融云、insight、医药魔方、米内、药渡等医药数据库为代表。 其中米内隶属于广州标点医药信息有限公司，于2010年正式上线；而上海医工院PDB隶属于上海数图 …

Apr 22, 2020 · 将蛋白质pdb与 适配体pdb 对接时会出现报错，提示蛋白质pdb有问题，我是在RCSB网站下载的蛋白pdb，是需要进行什么处理，才能在用于对接的时候不报错吗？

Oct 29, 2021 · 如何从 alphafold2 蛋白质数据库下载 pdb。AlphaFold 是由谷歌的 DeepMind 开发的人工智能程序，用于预测蛋白质结构。 网址：https ...

分析结束后，在信息中查找“PROCESS_NAME”、“MODULE_NAME” 、 “IMAGE_NAME”和”FAILURE BUCKET_ID“，查看具体错误原因后进行针对性修复。 常见的修复方案有以下几 …

怎么在PDB数据库里搜索人的C-Met蛋白结构